La tradición cuenta que, hace casi 1.000 años, la Virgen se apareció a un pastor de Luna en el punto en que se sitúa la carrasca de la explanada.

En el año 1.500 se erigió un convento a expensas del noble D. Miguel de Torrero que lo habitarían frailes franciscanos hasta 1.837, fecha de su exclaustración por la Ley de Desamortización de Mendizábal.

El Ayuntamiento de Luna recuperó el lugar hacia la mitad del siglo XIX y lo cedió a la Cofradía, hoy Hermandad de Ntra. Sra. de Monlora, que lo rige desde entonces.

Los Monjes de la Fraternidad Monástica de San Benito residieron en el Monasterio desde 1.992 a 1.999.

Desde septiembre de 2.002 a diciembre de 2.006 vivieron en Monlora una comunidad de monjas clarisas con el nombre de Hermanas Pobres de Santa Clara.

En la actualidad, dese el 27 de mayo de 2.007, la Hermandad tiene cedida la zona conventual (primera planta del edificio) a la comunidad religiosa de la Congregación Apostólica Marta y María.

Monlora pertenece a la Parroquia de Luna (Zaragoza) y a la Diócesis de Jaca (Huesca).